L'église romane paraît remonter au XIIe siècle, à l'époque de transition du roman au style gothique. Elle fut construite par les bénédictins de Cluny. Sur la partie Sud, un soubassement en "arêtes de poisson" serait plus ancien. Des tombes mérovingiennes trouvées à proximité laissent supposer que l'église a été construite sur les ruines d'un batiment plus ancien (temple ?).

En 1438, des Routiers, soldats mercenaires desoeuvrés par la fin de la guerre de cent ans, vinrent piller et bruler la région: Mont Saint Vincent, Joncy, Genouilly, Germagny, Maiseray, Saint Martin du Tartre furent dévastés. les habitants de Germagny se réfugièrent dans leur église qui fut brûlée et en partie démolie. Le clocher fut abbatu.

L'église fut remise en état par les habitants avec les restes de pierres calcinées. Elle doit son aspect trapu à cette époque, avec un clocher court qui contraste avec les murs de soutènement qui devaient à l'origine supporter un clocher plus haut et plus effilé.

Les peintures murales représentent le Christ adolescent, imberbe, "en majesté" (de face), sort de son tombeau entouré de personnages qui semblent êtres des anges sonnant des trompettes. A ses pieds, d'autres personnages: des morts sortant eux aussi de leur tombe.

Le tout est dessiné en trois couleurs uniquement: ocre jaune, ocre rouge et charbon et les traits simples semblent dater de la fin du XIIe, début du XIIIe siècle.

Diverses interpétations de cette fresque ont été données, elles sont rassemblées sur un panneau de bois que l'on peut découvrir lors de la visite de l'eglise (visite libre en journée).